HEPS工程组织机构由指挥部、部、系统组成。 
  根据相关规范和工程惯例,经中国科学院批准,HEPS工程成立工程指挥部,为确保实时和高效的领导,工程具体工作由HEPS工程指挥部负责。同时,设国际顾问委员会、科学技术委员会、用户委员会,作为工程指挥部咨询机构。
  工程指挥部下设总体协调、总调度组、工程办公室、安环办公室等,以及加速器、光束线站、束测控制、通用设施、基建及园区建设5个部。 
  各部下设系统。
          
  
 
  工程指挥部:  
   总指挥:潘卫民; 
  常务副总指挥:董宇辉;
    副总指挥: 徐 刚、梁  键、李煜辉。
    总工程师:屈化民; 
            副总工程师:盛伟繁、张  旌; 
    总工艺师:林国平;  
                副总工艺师:曹建社、钱海杰;
    总经济师:周  亚。 
 
 科技委员会:
|  | 姓名 | 单位 | 职称 | 
| 主任(加速器) | 陈森玉 | 中国科学院高能物理研究所 | 研究员/院士 | 
| 副主任 (光束线站) | 于渌 | 中国科学院物理研究所 | 研究员/院士 | 
| 加速器分委员会 | 王琳 | 中国科学技术大学 | 教授 | 
|  | 中国科学院高能物理研究所 | 研究员/院士 | 
| 邓建军 | 中国工程物理研究院 | 研究员/院士 | 
| 刘克新 | 北京大学 | 教授 | 
| 何多慧 | 中国科学技术大学 | 研究员/院士 | 
| 张闯 | 中国科学院高能物理研究所 | 研究员 | 
| 陈和生 | 中国科学院高能物理研究所 | 研究员/院士 | 
| 陈佳洱 | 北京大学 | 教授/院士 | 
| 赵红卫 | 中国科学院近代物理研究所 | 研究员 | 
| 赵振堂 | 中国科学院上海应用物理研究所 | 研究员 | 
| 夏佳文 | 中国科学院近代物理研究所 | 研究员/院士 | 
| 殷立新 | 中国科学院上海应用物理研究所 | 研究员 | 
| 唐传祥 | 清华大学 | 教授 | 
| 黄文会 | 清华大学 | 教授 | 
| 光束线站分委员会 | 丁洪 | 中国科学院物理研究所 | 研究员 | 
| 马丁 | 北京大学 | 教授 | 
| 王学武 | 清华大学 | 教授 | 
| 王海舟 | 中国钢研科技集团有限公司 | 教授级高工/院士 | 
| 毛河光 | 北京高压科学研究中心 | 研究员/院士 | 
| 许瑞明 | 中国科学院生物物理研究所 | 研究员 | 
| 孙冬柏 | 中山大学 | 教授 | 
| 麦振洪 | 中国科学院物理研究所 | 研究员 | 
| 李亚栋 | 清华大学 | 教授/院士 | 
| 吴强 | 中国工程物理研究院 | 研究员 | 
| 陆亚林 | 中国科学技术大学 | 教授 | 
| 邰仁忠 | 中国科学院上海应用物理研究所 | 研究员 | 
| 周忠和 | 中国科学院古脊椎动物与古人类研究所 | 研究员/院士 | 
| 胡天斗 | 中国科学院高能物理研究所 | 研究员 | 
| 曹春晓 | 北京航空材料研究院 | 研究员/院士 | 
| 阎永廉 | 中国科学院高能物理研究所 | 研究员 | 
| 韩布兴 | 中国科学院化学研究所 | 研究员/院士 |